video-plate-calibration:
README/CONTEXT
This commit is contained in:
+65
-4
@@ -80,9 +80,10 @@ Modèles principaux :
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| Modèle | Rôle |
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| `Configuration` | Config globale active (caméra, GRBL, tracking, calibration) |
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| `MultiWell` | Plaque multi-puits (position HG/HD/BG/BD, grille 6×4, pas XY) |
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| `MultiWell` | Plaque multi-puits (position HG/HD/BG/BD, grille 6×4, pas XY, crop_radius) |
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| `Well` | Puit individuel (nom Ai..Di) |
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| `WellPosition` | Position XY mm d'un puit dans un MultiWell + px_per_mm |
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| `WellPosition` | Position XY mm d'un puit dans un MultiWell + px_per_mm (calibration optique caméra) |
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| `VideoPlate` | Vidéo plaque entière associée à un MultiWell — champs : `px_per_mm` (échelle vidéo ~15 px/mm), `x_origin_mm` / `y_origin_mm` (origine CNC stable, indépendante de la calibration) |
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| `Experiment` | Session de capture sur un MultiWell (durée, début/fin) |
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| `Session` | Groupe d'expériences avec planification (ClockedSchedule one-shot) |
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| `SessionExperiment` | Liaison Session ↔ Experiment |
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@@ -109,13 +110,14 @@ Modèle `ExperimentConfig` : paramètres de tracking par puit (px_per_mm, fps, s
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| `grbl.py` | Pilotage CNC via port série (G-code, homing, déplacement XY) |
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| `grbl_simulator.py` | Simulateur GRBL pour dev sans matériel |
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| `capture_interface.py` | Interface abstraite de capture |
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| `capture_interface.py` | Interface abstraite de capture — crop circulaire, edge enhance, debug overlay, tracking |
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| `picamera2_capture.py` | Capture ArduCam via Picamera2 |
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| `webcam_capture.py` | Capture webcam via OpenCV |
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| `videofile_capture.py` | Lecture fichier vidéo (test/sim) |
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| `videoplate_capture.py` | Capture par crop dynamique dans une vidéo plaque entière — position GRBL → région extraite, hot swap vidéo, plein cadre à l'origine |
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| `planarian_tracker.py` | Tracking multi-individus : MOG2 + algorithme hongrois (`scipy`) |
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| `planarian_metrics.py` | Métriques par frame et summary (mobilité, thigmo, photo, chemo, social) |
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| `tube_aligner.py` | Alignement et calibration optique du tube |
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| `tube_aligner.py` | Détection HoughCircles + CLAHE, calibration optique, plage rayon configurable (`set_radius_range`) |
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| `circular_crop.py` | Découpe circulaire des images de puit |
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| `reductstore.py` | Interface ReductStore (stockage/lecture frames time série) |
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| `system_stats.py` | Stats système (CPU, RAM, disque — affichage dashboard) |
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@@ -190,6 +192,65 @@ python3 planarian_sim.py --count 5 --photo-mode fixed --photo-x 0.2 --photo-y 0.
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## Mode capture vidéo plaque (`capture_type == 'video'`)
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Alternative à la caméra ArduCam : une **vidéo de la plaque entière** enregistrée une fois,
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rejouée en boucle pendant les scans. Adapté aux labos sans Raspberry Pi ou pour tests hors matériel.
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### Flux
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VideoPlateCapture.capture_frame()
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→ lit la frame courante de la vidéo
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→ extrait un carré 2r×2r centré sur (GRBL_x, GRBL_y) converti en pixels
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→ si GRBL à (0,0) : retourne la frame entière (vue plaque)
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→ sinon : retourne le crop du puit courant
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→ process_frame()
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→ edge_enhance (optionnel, CLAHE + Canny overlay vert)
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→ TubeAligner.detect_tube() (optionnel, debug HoughCircles)
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→ crop circulaire (optionnel)
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```
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### Calibration vidéo
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- `VideoPlate.px_per_mm` : échelle de la vidéo (~15 px/mm) — **différent** de `WellPosition.px_per_mm` (~50 px/mm, optique caméra)
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- `VideoPlate.x_origin_mm` / `y_origin_mm` : position CNC correspondant au pixel (0,0) de la vidéo — **stable**, jamais modifiée par la calibration des puits
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- `MultiWell.crop_radius` : rayon du crop en pixels — contrôle la taille de la vue par puit
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### Contrôles calibration UI (boutons)
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| Bouton | Action |
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| Debug | Active `TubeAligner.debug` — détection HoughCircles en continu |
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| Overlay | Affiche/masque les annotations de détection sans couper la détection |
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| Contours | Active edge enhance (CLAHE + Canny overlay vert) sur la frame propre |
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| Recadrer | Active le crop circulaire + navigue vers la position Base (mode vidéo) |
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### `TubeAligner.set_radius_range(min_ratio, max_ratio)`
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Ajuste la plage de recherche HoughCircles en fraction de `min(w,h)` :
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- Mode caméra : `0.26–0.37` (tube occupe ~30% du champ)
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- Mode vidéo : `0.38–0.47` (puit remplit le crop, ratio ~0.43–0.50)
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## Déploiement réseau isolé (labo sans internet)
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```
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GitHub ←→ Portable (internet) ←→ Routeur OpenWrt ←→ Machine labo (SSH)
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```
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Mise à jour sans internet :
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```bash
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# Sur la machine labo (une fois)
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git config receive.denyCurrentBranch updateInstead
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# Sur le portable — ajouter le labo comme remote
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git remote add labo ssh://user@<ip-labo>/chemin/PlanarianScanner
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# Workflow répétable
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git pull origin video-plate-calibration # portable ← GitHub
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git push labo video-plate-calibration # labo ← portable
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```
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## Licence
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GPL-3.0
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@@ -52,7 +52,14 @@ d'analyse distantes.
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- Pilotage du bras CNC en GRBL — déplacement automatique puits par puits
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- Calibration des multi-puits avec synchro base de données
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- Acquisition image haute définition via ArduCam (OpenCV + Picamera2)
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- Trois modes de capture :
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- **ArduCam** (Picamera2) — caméra haute définition montée sur le bras
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- **Webcam** — via OpenCV (développement / test)
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- **Vidéo plaque** (`VideoPlateCapture`) — crop dynamique dans une vidéo plaque entière rejouée en boucle ; adapté aux scans sans caméra embarquée
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- Calibration assistée :
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- Détection automatique du centre du puit (Hough + CLAHE, plage rayon adaptable selon le mode)
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- Overlay Canny vert pour visualiser les bords en conditions d'éclairage difficile
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- Contrôles temps réel : Debug, Overlay annotations, Contours, Recadrage
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- Stockage des frames en base time série ReductStore
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- Sessions de scan paramétrables (grille complète ou sélection de puits)
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- Export asynchrone (Celery) :
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@@ -364,14 +371,22 @@ PlanarianScanner/
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## Procédure de calibration en 4 étapes
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1. Activer "Debug détection" → voir le cercle et les zones sur le stream
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## Procédure de calibration
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2. Activer recadrage pour isoler le tube
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### Mode caméra (ArduCam / Webcam)
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1. **Debug** → active la détection HoughCircles en continu (cercle + zones affiché)
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2. **Overlay** → affiche/masque les annotations sans couper la détection
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3. **Recadrer** → isole le puit et navigue vers la position Base
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4. **Calibrage auto** → centrage automatique puit par puit avec sauvegarde
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Calibration auto
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### Mode vidéo plaque
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1. Créer un enregistrement `VideoPlate` dans l'admin (upload vidéo, `px_per_mm`, `x_origin_mm`, `y_origin_mm`)
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2. **Contours** → overlay Canny vert pour repérer les bords des puits selon l'éclairage
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3. **Debug** → détection Hough adaptée (plage rayon élargie pour puit plein cadre)
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4. **Recadrer** → active le crop + déplace vers la Base
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5. Naviguer puit par puit, sauvegarder les positions
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 Calibration auto
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[🎬 Vidéo Calibration auto](https://youtu.be/6RueJ3onUoY)
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+26
-4
@@ -50,7 +50,14 @@ high-performance storage of captures, and export to remote analysis machines.
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- CNC arm control through GRBL — automatic well-by-well movement
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- Multi-well calibration with database synchronization
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- High-definition image acquisition via ArduCam (OpenCV + Picamera2)
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- Three capture modes:
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- **ArduCam** (Picamera2) — high-definition camera mounted on the arm
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- **Webcam** — via OpenCV (development / testing)
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- **Plate video** (`VideoPlateCapture`) — dynamic crop from a full-plate video replayed in loop; suitable for scans without an embedded camera
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- Assisted calibration:
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- Automatic well-center detection (Hough + CLAHE, adjustable radius range per mode)
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- Green Canny overlay to visualize well borders under difficult lighting
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- Real-time controls: Debug, Annotation Overlay, Edge Enhance, Crop
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- Frame storage in ReductStore time-series database
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- Configurable scan sessions (full grid or selected wells)
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- Asynchronous export (Celery):
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@@ -343,9 +350,24 @@ PlanarianScanner/
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│ └── webfonts
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└── templates
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└── admin
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4-Step Calibration Procedure
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Enable "Detection Debug" → display the circle and zones on the stream
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Enable cropping to isolate the tube
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## Calibration Procedure
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### Camera mode (ArduCam / Webcam)
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1. **Debug** → enables continuous HoughCircles detection (circle + zones displayed)
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2. **Overlay** → shows/hides annotations without stopping detection
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3. **Crop** → isolates the well and navigates to the Base position
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4. **Auto calibration** → automatic well-by-well centering with position save
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### Plate video mode
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1. Create a `VideoPlate` record in admin (upload video, set `px_per_mm`, `x_origin_mm`, `y_origin_mm`)
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2. **Edge Enhance** → green Canny overlay to locate well borders under variable lighting
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3. **Debug** → Hough detection with wider radius range (well fills the crop)
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4. **Crop** → activates circular crop + moves to Base position
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5. Navigate well by well and save positions
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[🎬 Auto Calibration Video](https://youtu.be/6RueJ3onUoY)
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## Status
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@@ -413,7 +413,10 @@ class ScannerProcess(Task):
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self.cam._active_median = False
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self.cam.set_edge_enhance(False)
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if self.conf.capture_type == 'video':
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self.cam._active_crop = False
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self.cam.set_circular_crop(None)
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ctx = dict(state="crop", value=self.cam._active_crop)
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else:
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Reference in New Issue
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