video-plate-calibration:

README/CONTEXT

CONTEXT.md

@@ -80,9 +80,10 @@ Modèles principaux :
 | Modèle | Rôle |
 |---|---|
 | `Configuration` | Config globale active (caméra, GRBL, tracking, calibration) |
-| `MultiWell` | Plaque multi-puits (position HG/HD/BG/BD, grille 6×4, pas XY) |
+| `MultiWell` | Plaque multi-puits (position HG/HD/BG/BD, grille 6×4, pas XY, crop_radius) |
 | `Well` | Puit individuel (nom Ai..Di) |
-| `WellPosition` | Position XY mm d'un puit dans un MultiWell + px_per_mm |
+| `WellPosition` | Position XY mm d'un puit dans un MultiWell + px_per_mm (calibration optique caméra) |
+| `VideoPlate` | Vidéo plaque entière associée à un MultiWell — champs : `px_per_mm` (échelle vidéo ~15 px/mm), `x_origin_mm` / `y_origin_mm` (origine CNC stable, indépendante de la calibration) |
 | `Experiment` | Session de capture sur un MultiWell (durée, début/fin) |
 | `Session` | Groupe d'expériences avec planification (ClockedSchedule one-shot) |
 | `SessionExperiment` | Liaison Session ↔ Experiment |
@@ -109,13 +110,14 @@ Modèle `ExperimentConfig` : paramètres de tracking par puit (px_per_mm, fps, s
 |---|---|
 | `grbl.py` | Pilotage CNC via port série (G-code, homing, déplacement XY) |
 | `grbl_simulator.py` | Simulateur GRBL pour dev sans matériel |
-| `capture_interface.py` | Interface abstraite de capture |
+| `capture_interface.py` | Interface abstraite de capture — crop circulaire, edge enhance, debug overlay, tracking |
 | `picamera2_capture.py` | Capture ArduCam via Picamera2 |
 | `webcam_capture.py` | Capture webcam via OpenCV |
 | `videofile_capture.py` | Lecture fichier vidéo (test/sim) |
+| `videoplate_capture.py` | Capture par crop dynamique dans une vidéo plaque entière — position GRBL → région extraite, hot swap vidéo, plein cadre à l'origine |
 | `planarian_tracker.py` | Tracking multi-individus : MOG2 + algorithme hongrois (`scipy`) |
 | `planarian_metrics.py` | Métriques par frame et summary (mobilité, thigmo, photo, chemo, social) |
-| `tube_aligner.py` | Alignement et calibration optique du tube |
+| `tube_aligner.py` | Détection HoughCircles + CLAHE, calibration optique, plage rayon configurable (`set_radius_range`) |
 | `circular_crop.py` | Découpe circulaire des images de puit |
 | `reductstore.py` | Interface ReductStore (stockage/lecture frames time série) |
 | `system_stats.py` | Stats système (CPU, RAM, disque — affichage dashboard) |
@@ -190,6 +192,65 @@ python3 planarian_sim.py --count 5 --photo-mode fixed --photo-x 0.2 --photo-y 0.
 
 ---
 
+## Mode capture vidéo plaque (`capture_type == 'video'`)
+
+Alternative à la caméra ArduCam : une **vidéo de la plaque entière** enregistrée une fois,
+rejouée en boucle pendant les scans. Adapté aux labos sans Raspberry Pi ou pour tests hors matériel.
+
+### Flux
+```
+VideoPlateCapture.capture_frame()
+  → lit la frame courante de la vidéo
+  → extrait un carré 2r×2r centré sur (GRBL_x, GRBL_y) converti en pixels
+  → si GRBL à (0,0) : retourne la frame entière (vue plaque)
+  → sinon          : retourne le crop du puit courant
+→ process_frame()
+  → edge_enhance (optionnel, CLAHE + Canny overlay vert)
+  → TubeAligner.detect_tube() (optionnel, debug HoughCircles)
+  → crop circulaire (optionnel)
+```
+
+### Calibration vidéo
+- `VideoPlate.px_per_mm` : échelle de la vidéo (~15 px/mm) — **différent** de `WellPosition.px_per_mm` (~50 px/mm, optique caméra)
+- `VideoPlate.x_origin_mm` / `y_origin_mm` : position CNC correspondant au pixel (0,0) de la vidéo — **stable**, jamais modifiée par la calibration des puits
+- `MultiWell.crop_radius` : rayon du crop en pixels — contrôle la taille de la vue par puit
+
+### Contrôles calibration UI (boutons)
+| Bouton | Action |
+|---|---|
+| Debug | Active `TubeAligner.debug` — détection HoughCircles en continu |
+| Overlay | Affiche/masque les annotations de détection sans couper la détection |
+| Contours | Active edge enhance (CLAHE + Canny overlay vert) sur la frame propre |
+| Recadrer | Active le crop circulaire + navigue vers la position Base (mode vidéo) |
+
+### `TubeAligner.set_radius_range(min_ratio, max_ratio)`
+Ajuste la plage de recherche HoughCircles en fraction de `min(w,h)` :
+- Mode caméra : `0.26–0.37` (tube occupe ~30% du champ)
+- Mode vidéo  : `0.38–0.47` (puit remplit le crop, ratio ~0.43–0.50)
+
+---
+
+## Déploiement réseau isolé (labo sans internet)
+
+```
+GitHub ←→ Portable (internet) ←→ Routeur OpenWrt ←→ Machine labo (SSH)
+```
+
+Mise à jour sans internet :
+```bash
+# Sur la machine labo (une fois)
+git config receive.denyCurrentBranch updateInstead
+
+# Sur le portable — ajouter le labo comme remote
+git remote add labo ssh://user@<ip-labo>/chemin/PlanarianScanner
+
+# Workflow répétable
+git pull origin video-plate-calibration   # portable ← GitHub
+git push labo video-plate-calibration     # labo ← portable
+```
+
+---
+
 ## Licence
 
 GPL-3.0

README.md

@@ -52,7 +52,14 @@ d'analyse distantes.
 
 - Pilotage du bras CNC en GRBL — déplacement automatique puits par puits
 - Calibration des multi-puits avec synchro base de données
-- Acquisition image haute définition via ArduCam (OpenCV + Picamera2)
+- Trois modes de capture :
+  - **ArduCam** (Picamera2) — caméra haute définition montée sur le bras
+  - **Webcam** — via OpenCV (développement / test)
+  - **Vidéo plaque** (`VideoPlateCapture`) — crop dynamique dans une vidéo plaque entière rejouée en boucle ; adapté aux scans sans caméra embarquée
+- Calibration assistée :
+  - Détection automatique du centre du puit (Hough + CLAHE, plage rayon adaptable selon le mode)
+  - Overlay Canny vert pour visualiser les bords en conditions d'éclairage difficile
+  - Contrôles temps réel : Debug, Overlay annotations, Contours, Recadrage
 - Stockage des frames en base time série ReductStore
 - Sessions de scan paramétrables (grille complète ou sélection de puits)
 - Export asynchrone (Celery) :
@@ -364,14 +371,22 @@ PlanarianScanner/
 
 ---
 
-## Procédure de calibration en 4 étapes
+## Procédure de calibration
-1. Activer "Debug détection" → voir le cercle et les zones sur le stream
 
-2. Activer recadrage pour isoler le tube
+### Mode caméra (ArduCam / Webcam)
+1. **Debug** → active la détection HoughCircles en continu (cercle + zones affiché)
+2. **Overlay** → affiche/masque les annotations sans couper la détection
+3. **Recadrer** → isole le puit et navigue vers la position Base
+4. **Calibrage auto** → centrage automatique puit par puit avec sauvegarde
 
-Calibration auto
+### Mode vidéo plaque
+1. Créer un enregistrement `VideoPlate` dans l'admin (upload vidéo, `px_per_mm`, `x_origin_mm`, `y_origin_mm`)
+2. **Contours** → overlay Canny vert pour repérer les bords des puits selon l'éclairage
+3. **Debug** → détection Hough adaptée (plage rayon élargie pour puit plein cadre)
+4. **Recadrer** → active le crop + déplace vers la Base
+5. Naviguer puit par puit, sauvegarder les positions
 
-![Aperçu de la vidéo](assets/calibration-auto.png) Calibration auto
+![Aperçu calibration auto](assets/calibration-auto.png)
 
 [🎬 Vidéo Calibration auto](https://youtu.be/6RueJ3onUoY)
 

README_EN.md

@@ -50,7 +50,14 @@ high-performance storage of captures, and export to remote analysis machines.
 
 - CNC arm control through GRBL — automatic well-by-well movement
 - Multi-well calibration with database synchronization
-- High-definition image acquisition via ArduCam (OpenCV + Picamera2)
+- Three capture modes:
+  - **ArduCam** (Picamera2) — high-definition camera mounted on the arm
+  - **Webcam** — via OpenCV (development / testing)
+  - **Plate video** (`VideoPlateCapture`) — dynamic crop from a full-plate video replayed in loop; suitable for scans without an embedded camera
+- Assisted calibration:
+  - Automatic well-center detection (Hough + CLAHE, adjustable radius range per mode)
+  - Green Canny overlay to visualize well borders under difficult lighting
+  - Real-time controls: Debug, Annotation Overlay, Edge Enhance, Crop
 - Frame storage in ReductStore time-series database
 - Configurable scan sessions (full grid or selected wells)
 - Asynchronous export (Celery):
@@ -343,9 +350,24 @@ PlanarianScanner/
     │   └── webfonts
     └── templates
         └── admin
-4-Step Calibration Procedure
+## Calibration Procedure
-Enable "Detection Debug" → display the circle and zones on the stream
+
-Enable cropping to isolate the tube
+### Camera mode (ArduCam / Webcam)
+1. **Debug** → enables continuous HoughCircles detection (circle + zones displayed)
+2. **Overlay** → shows/hides annotations without stopping detection
+3. **Crop** → isolates the well and navigates to the Base position
+4. **Auto calibration** → automatic well-by-well centering with position save
+
+### Plate video mode
+1. Create a `VideoPlate` record in admin (upload video, set `px_per_mm`, `x_origin_mm`, `y_origin_mm`)
+2. **Edge Enhance** → green Canny overlay to locate well borders under variable lighting
+3. **Debug** → Hough detection with wider radius range (well fills the crop)
+4. **Crop** → activates circular crop + moves to Base position
+5. Navigate well by well and save positions
+
+![Auto calibration preview](assets/calibration-auto.png)
+
+[🎬 Auto Calibration Video](https://youtu.be/6RueJ3onUoY)
 
 ## Status
 

test_tube_scanner/scanner/process.py

@@ -413,7 +413,10 @@ class ScannerProcess(Task):
                             self.cam._active_median = False
                             self.cam.set_edge_enhance(False)
                             if self.conf.capture_type == 'video':
+                                
                                 self.cam._active_crop = False
+                                
+                                
                                 self.cam.set_circular_crop(None)
                                 ctx = dict(state="crop", value=self.cam._active_crop)
                             else: