calibration

test_tube_scanner/scanner/models.py

@@ -66,6 +66,13 @@ class Configuration(models.Model):
     calibration_default_duration = models.FloatField(_("Duruée calibration"), help_text=_("Durée de pose entre chaque puits en s"), default=3.0)
     # tracking
     tracking = models.BooleanField(_("Suivi"), help_text=_("Suivi et analyse des planaires"), default=False)
+    
+    min_area_px = models.PositiveIntegerField(_("Surface minimale"), help_text=_("surface minimale d'un contour pour être considéré valide (px²)"), default=20)
+    max_area_ratio = models.FloatField(_("surface maximale "), help_text=_("surface maximale d'un contour en fraction de la frame (défaut 10%)"), default=0.10)
+    max_planarians = models.PositiveIntegerField(_("Max planaire"), help_text=_("nombre maximum de planaires à suivre simultanément (1-10)"), default=1)
+    merge_kernel_size = models.PositiveIntegerField(_("Taille du kernel"), help_text=_("taille du kernel elliptique de fusion des fragments (px)"), default=15)
+    min_contour_dist_px = models.PositiveIntegerField(_("Distance <contour>"), help_text=_("Distance min entre deux contours pour les considérer comme individus distincts. Défaut : 40px."), default=40)
+   
     #
     active = models.BooleanField(_("Actif"), default=False)
     
@@ -97,18 +104,18 @@ class Well(models.Model):
 
 
 class MultiWell(models.Model):
+    # Identification
     label =  models.CharField(_("Label"), help_text=_("Label du multi-puit"), max_length=100, null=True, blank=True)
     author = models.ForeignKey(User, on_delete=models.CASCADE, verbose_name="Auteur", null=True, blank=True)
     position = models.CharField(_("Position"), help_text=_('Position du multi-puits sur la table'), unique=True, max_length=8, choices=MULTIWELL_POSITION, null=True, blank=False)
     default = models.BooleanField(_("Par défaut"), help_text=_('Multi-puit par défaut'), default=False)
-    
+    # Configuration   
     cols = models.PositiveSmallIntegerField(_("Colonnes"), help_text=_('Nombre de colonnes'), blank=False, default=6)
     rows = models.PositiveSmallIntegerField(_("Lignes"), help_text=_('Nombre de lignes'), blank=False, default=4)  
     diameter = models.FloatField(_("Diamètre"), help_text=_('Diamètre des tubes en mm'), blank=False, default=16.0)
-      
     row_def = models.CharField(_("Définition"), help_text=_('Définition des lignes'), max_length=16, null=True, blank=False, default="A,B,C,D")
     row_order = models.CharField(_("Ordre ligne"), help_text=_('Ordre ligne de puit. Lecture en serpentin dans le sens des +- X'), max_length=16, null=True, blank=False, default="D,C,B,A")
-
+    # Balayage
     order = models.PositiveSmallIntegerField(_("Ordre"), help_text=_('Ordre de lecture du multi-puit'), blank=False, default=0)
     duration = models.PositiveIntegerField(_("Durée"), help_text=_('Durée du film en secondes'), blank=False, default=120)
     xbase = models.FloatField(_("Origine X"), help_text=_('Base origine X en mm'), blank=False, default=50.0)