readme

README.md

@@ -45,11 +45,10 @@ d'analyse distantes.
 | Plateforme | Raspberry Pi 4 — Debian Linux |
 
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-
 ## Fonctionnalités
 
 - Pilotage du bras CNC en GRBL — déplacement automatique puits par puits
-- calibration des multi-puits avec synchro base de données
+- Calibration des multi-puits avec synchro base de données
 - Acquisition image haute définition via ArduCam (OpenCV + Picamera2)
 - Stockage des frames en base time série ReductStore
 - Sessions de scan paramétrables (grille complète ou sélection de puits)
@@ -62,29 +61,28 @@ d'analyse distantes.
 - Interface administration Django (sqlite3 ou mariadb ou postgresql)
 - Suivi de progression des tâches longues par polling
 
-## Planaire simulation de mouvement aléatoire 
+Supporte plusieurs planaires avec paramètres configurables via django ou csv.
 
-Supporte plusieurs planaires avec paramètres configurables via arguments CLI.
 Export CSV par planaire compatible EthoVision XT.
 
-Seuils EthoVision par défaut (configurables en arguments) :
+### Seuils EthoVision par défaut (configurables via django ou csv)
 
-- Immobile : déplacement < 0.2 mm/s
+- **Immobile** : déplacement < 0.2 mm/s
-- Mobile : 0.2 à 1.5 mm/s
+- **Mobile** : 0.2 à 1.5 mm/s
-- Très mobile : > 1.5 mm/s
+- **Très mobile** : > 1.5 mm/s
 
-- EthoVision                          CSV frames                  CSV summary
+| EthoVision | CSV frames | CSV summary |
-- ==========                          ==========                  ===========
+|---|---|---|
-- movedCenter-pointTotalmm            total_distance_mm           movedCenter_pointTotal_mm
+| movedCenter-pointTotalmm | total_distance_mm | movedCenter_pointTotal_mm |
-- VelocityCenter-pointMeanmm/s        velocity_mm_s               velocity_mean_mm_s
+| VelocityCenter-pointMeanmm/s | velocity_mm_s | velocity_mean_mm_s |
-- MovementMoving                      moving, duration_moving_s   movement_moving_duration_s
+| MovementMoving | moving, duration_moving_s | movement_moving_duration_s |
-- MovementNot Moving                  duration_stopped_s          movement_not_moving_duration_s
+| MovementNot Moving | duration_stopped_s | movement_not_moving_duration_s |
-- ImmobileFrequency / Duration        mobility_state              mobility_immobile_frequency/duration_s
+| ImmobileFrequency / Duration | mobility_state | mobility_immobile_frequency/duration_s |
-- MobileFrequency / Duration          mobility_state              mobility_mobile_frequency/duration_s
+| MobileFrequency / Duration | mobility_state | mobility_mobile_frequency/duration_s |
-- Highly mobileFrequency / Duration   mobility_state              mobility_highly_mobile_frequency/duration_s
+| Highly mobileFrequency / Duration | mobility_state | mobility_highly_mobile_frequency/duration_s |
 
+### Métriques calculées
 
-Métriques calculées :
 - Distance totale parcourue (mm) → movedCenter-pointTotalmm
 - Vitesse instantanée (mm/s) → VelocityCenter-pointMeanmm/s
 - Durée cumulée en mouvement (s) → MovementMoving
@@ -92,11 +90,14 @@ Métriques calculées :
 - Fréquence et durée par état de mobilité → Mobility state (EthoVision)
 - Distance à la paroi (mm) → thigmotactisme
 
-Comportements simulés :
+### Comportements
-    - Thigmotactisme  : attraction vers la paroi (--thigmotaxis)
+
-    - Phototactisme   : fuite de la lumière (--photo-mode, --photo-strength)
+- **Thigmotactisme** : attraction vers la paroi (--thigmotaxis)
-    - Chimiotactisme  : attraction vers une source de nourriture (--chemo-strength)
+- **Phototactisme** : fuite de la lumière (--photo-mode, --photo-strength)
-    - Inter-individus : évitement de contact, agrégation, répulsion chimique
+- **Chimiotactisme** : attraction vers une source de nourriture (--chemo-strength)
+- **Inter-individus** : évitement de contact, agrégation, répulsion chimique
+
+
 ---
 
 ## Architecture

test_tube_scanner/scanner/tasks.py

@@ -196,6 +196,9 @@ def on_exports_done(results: list, session_id: str):
 
 @shared_task
 def scanning(session_id: str):
+    """
+    Scanning différé.
+    """    
     try:
         scanner = task_manager.scanner
         scanner.cam.set_median(is_median=False)

test_tube_scanner/scanner/templates/scanner/calibration.html

@@ -9,7 +9,7 @@
 
 {% block content %}
 <div class="w3-row w3-black">    
-    <div class="w3-col w3-center" style="width:20%">
+    <div class="w3-col w3-center" style="width:25%">
         <div class="w3-row w3-row-padding">
             <div class="w3-col w3-margin-bottom">
                 {% trans 'Position multi-puit' %}<br>
@@ -109,10 +109,10 @@
             </div>  
         </div>
     </div>
-    <div class="w3-col" style="width: 60%"> 
+    <div class="w3-col" style="width: 50%"> 
        {% include 'scanner/scan-image.html' %}    
     </div>
-    <div class="w3-col w3-center" style="width: 20%"> 
+    <div class="w3-col w3-center" style="width: 25%"> 
 	    <div class="w3-row w3-row-padding">
             <div class="w3-col">
                <div class="w3-right-align w3-small"><span id="_ts"></span></div>

test_tube_scanner/scanner/templates/scanner/replay.html

@@ -30,8 +30,8 @@
 {% block content %}
     <div id="replay-grid" class="w3-black">
     {% if image %}
-        <div class="w3-card-4 w3-border" style="min-width: 640px">
+        <div class="w3-card-4 w3-border">
-            <img id="_replay_img" src="{{ image }}" style="width: 100%">
+            <img id="_replay_img" src="{{ image }}" style="max-width: 800px;">
             <div class="w3-bar w3-padding-small w3-light-grey">
                 <span class="w3-bar-item w3-marging-right w3-dark-xlight" >{{ uuid }}</span>
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