denis/PlanarianScanner
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denis defolie
2026-04-29 08:22:47 +02:00
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commit caf5d29f73
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README.md
+31 -30
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@@ -45,11 +45,10 @@ d'analyse distantes.
| Plateforme | Raspberry Pi 4 — Debian Linux |
---
## Fonctionnalités
- Pilotage du bras CNC en GRBL — déplacement automatique puits par puits
- calibration des multi-puits avec synchro base de données
- Calibration des multi-puits avec synchro base de données
- Acquisition image haute définition via ArduCam (OpenCV + Picamera2)
- Stockage des frames en base time série ReductStore
- Sessions de scan paramétrables (grille complète ou sélection de puits)
@@ -62,41 +61,43 @@ d'analyse distantes.
- Interface administration Django (sqlite3 ou mariadb ou postgresql)
- Suivi de progression des tâches longues par polling
## Planaire simulation de mouvement aléatoire
Supporte plusieurs planaires avec paramètres configurables via django ou csv.
Supporte plusieurs planaires avec paramètres configurables via arguments CLI.
Export CSV par planaire compatible EthoVision XT.
Seuils EthoVision par défaut (configurables en arguments) :
### Seuils EthoVision par défaut (configurables via django ou csv)
- Immobile : déplacement < 0.2 mm/s
- Mobile : 0.2 à 1.5 mm/s
- Très mobile : > 1.5 mm/s
- **Immobile** : déplacement < 0.2 mm/s
- **Mobile** : 0.2 à 1.5 mm/s
- **Très mobile** : > 1.5 mm/s
- EthoVision CSV frames CSV summary
- ========== ========== ===========
- movedCenter-pointTotalmm total_distance_mm movedCenter_pointTotal_mm
- VelocityCenter-pointMeanmm/s velocity_mm_s velocity_mean_mm_s
- MovementMoving moving, duration_moving_s movement_moving_duration_s
- MovementNot Moving duration_stopped_s movement_not_moving_duration_s
- ImmobileFrequency / Duration mobility_state mobility_immobile_frequency/duration_s
- MobileFrequency / Duration mobility_state mobility_mobile_frequency/duration_s
- Highly mobileFrequency / Duration mobility_state mobility_highly_mobile_frequency/duration_s
| EthoVision | CSV frames | CSV summary |
|---|---|---|
| movedCenter-pointTotalmm | total_distance_mm | movedCenter_pointTotal_mm |
| VelocityCenter-pointMeanmm/s | velocity_mm_s | velocity_mean_mm_s |
| MovementMoving | moving, duration_moving_s | movement_moving_duration_s |
| MovementNot Moving | duration_stopped_s | movement_not_moving_duration_s |
| ImmobileFrequency / Duration | mobility_state | mobility_immobile_frequency/duration_s |
| MobileFrequency / Duration | mobility_state | mobility_mobile_frequency/duration_s |
| Highly mobileFrequency / Duration | mobility_state | mobility_highly_mobile_frequency/duration_s |
### Métriques calculées
- Distance totale parcourue (mm) → movedCenter-pointTotalmm
- Vitesse instantanée (mm/s) → VelocityCenter-pointMeanmm/s
- Durée cumulée en mouvement (s) → MovementMoving
- Durée cumulée à l'arrêt (s) → MovementNot Moving
- Fréquence et durée par état de mobilité → Mobility state (EthoVision)
- Distance à la paroi (mm) → thigmotactisme
### Comportements
- **Thigmotactisme** : attraction vers la paroi (--thigmotaxis)
- **Phototactisme** : fuite de la lumière (--photo-mode, --photo-strength)
- **Chimiotactisme** : attraction vers une source de nourriture (--chemo-strength)
- **Inter-individus** : évitement de contact, agrégation, répulsion chimique
Métriques calculées :
- Distance totale parcourue (mm) → movedCenter-pointTotalmm
- Vitesse instantanée (mm/s) → VelocityCenter-pointMeanmm/s
- Durée cumulée en mouvement (s) → MovementMoving
- Durée cumulée à l'arrêt (s) → MovementNot Moving
- Fréquence et durée par état de mobilité → Mobility state (EthoVision)
- Distance à la paroi (mm) → thigmotactisme
Comportements simulés :
- Thigmotactisme : attraction vers la paroi (--thigmotaxis)
- Phototactisme : fuite de la lumière (--photo-mode, --photo-strength)
- Chimiotactisme : attraction vers une source de nourriture (--chemo-strength)
- Inter-individus : évitement de contact, agrégation, répulsion chimique
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## Architecture