denis/PlanarianScanner
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Video plate capture: calibration, edge enhance, auto-detect well borders

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denis defolie
2026-06-03 17:56:23 +02:00
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test_tube_scanner/scanner/models.py
+129 -15
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@@ -4,6 +4,7 @@
from django.utils.translation import gettext_lazy as _
import uuid
import json
from pathlib import Path
from django_celery_beat.models import PeriodicTask, ClockedSchedule
from django.dispatch import receiver
from django.db.models.signals import post_save, post_delete
@@ -13,10 +14,22 @@ from django.contrib.auth.models import User
MULTIWELL_POSITION = [
('HG', _("HG-Haut gauche")),
('HD', _("HD-Haut droit")),
('BG', _("BG-Bas gauche")),
('BD', _("BD-Bas droit")),
('HG', _("MP 6x24: HG-Haut gauche")),
('HD', _("MP 6x24: HD-Haut droit")),
('BG', _("MP 6x24: BG-Bas gauche")),
('BD', _("MP 6x24: BD-Bas droit")),
('HG_6', _("MP 2x3: HG-Haut gauche")),
('HD_6', _("MP 2x3: HD-Haut droit")),
('BG_6', _("MP 2x3: BG-Bas gauche")),
('BD_6', _("MP 2x3: BD-Bas droit")),
('HG_12', _("MP 3x4: HG-Haut gauche")),
('HD_12', _("MP 3x4: HD-Haut droit")),
('BG_12', _("MP 3x4: BG-Bas gauche")),
('BD_12', _("MP 3x4: BD-Bas droit")),
('HG_48', _("MP 6x8: HG-Haut gauche")),
('HD_48', _("MP 6x8: HD-Haut droit")),
('BG_48', _("MP 6x8: BG-Bas gauche")),
('BD_48', _("MP 6x8: BD-Bas droit")),
]
FOURCC_FORMAT = [
@@ -32,7 +45,8 @@ VIDEO_TYPE = [
CAPTURE_TYPE = [
('rpi', _("Arducam")),
('webcam', _("Webcam")),
('file', _("Fichier vidéo (mp4, avi)")),
('file', _("Simulation Fichier vidéo (mp4, avi)")),
('video', _("Fichier vidéo (mp4, avi)")),
]
TUBE_AXIS_TYPE = [
@@ -81,7 +95,6 @@ class Configuration(models.Model):
#
active = models.BooleanField(_("Actif"), default=False)
@classmethod
def active_config(cls):
return Configuration.objects.filter(active=True).first()
@@ -102,7 +115,6 @@ class Well(models.Model):
ordering = ['name', ]
verbose_name = _("Puit")
verbose_name_plural = _("Puits")
def __str__(self):
return f'{self.name}'
@@ -113,13 +125,15 @@ class MultiWell(models.Model):
label = models.CharField(_("Label"), help_text=_("Label du multi-puit"), max_length=100, null=True, blank=True)
author = models.ForeignKey(User, on_delete=models.SET_NULL, verbose_name="Auteur", null=True, blank=True)
position = models.CharField(_("Position"), help_text=_('Position du multi-puits sur la table'), unique=True, max_length=8, choices=MULTIWELL_POSITION, null=True, blank=False)
default = models.BooleanField(_("Par défaut"), help_text=_('Multi-puit par défaut'), default=False)
default = models.BooleanField(_("Défaut"), help_text=_('Multi-puit par défaut'), default=False)
# Configuration
cols = models.PositiveSmallIntegerField(_("Colonnes"), help_text=_('Nombre de colonnes'), blank=False, default=6)
rows = models.PositiveSmallIntegerField(_("Lignes"), help_text=_('Nombre de lignes'), blank=False, default=4)
diameter = models.FloatField(_("Diamètre"), help_text=_('Diamètre des tubes en mm'), blank=False, default=16.0)
row_def = models.CharField(_("Définition"), help_text=_('Définition des lignes'), max_length=16, null=True, blank=False, default="A,B,C,D")
row_order = models.CharField(_("Ordre ligne"), help_text=_('Ordre ligne de puit. Lecture en serpentin dans le sens des +- X'), max_length=16, null=True, blank=False, default="D,C,B,A")
crop_radius = models.PositiveSmallIntegerField(_("Rayon de découpe recadrage"), help_text=_("Rayon en pixels pour recadrer les images en px"), blank=False, default=500)
# Balayage
order = models.PositiveSmallIntegerField(_("Ordre"), help_text=_('Ordre de lecture du multi-puit'), blank=False, default=0)
duration = models.PositiveIntegerField(_("Durée"), help_text=_('Durée de capture en secondes pour la calibration'), blank=False, default=10)
@@ -129,11 +143,11 @@ class MultiWell(models.Model):
dx = models.FloatField(_("Pas X"), help_text=_('Pas ou interval sur X en mm'), blank=False, default=19.5)
dy = models.FloatField(_("Pas Y"), help_text=_('Pas ou interval sur Y en mm'), blank=False, default=19.5)
feed = models.PositiveIntegerField(_("Vitesse"), help_text=_('Vitesse déplacement en mm/mn '), blank=False, default=1000)
well_position = models.BooleanField(_("Positions"), help_text=_('Positions des puits générées ?. Non => efface WellPosition et recalcule les positions'), default=False)
capture_video = models.BooleanField(_("Vidéo"), help_text=_('Ce multi-puit servira pour la capture vidéo'), default=False)
active = models.BooleanField(_("Active"), default=True)
def config(self):
return dict(
position=self.position,
@@ -166,7 +180,7 @@ class MultiWell(models.Model):
return MultiWell.objects.filter(active=True).all()
class Meta:
ordering = ['order', ]
ordering = ['label', 'order', ]
verbose_name = _("Multi-puits")
verbose_name_plural = _("Multi-puits")
@@ -206,8 +220,8 @@ class WellPosition(models.Model):
@receiver(post_save, sender=MultiWell)
def create_well_position(sender, instance, created, **kwargs):
if created:
pass
#if created:
# pass
if not instance.well_position:
row_order = instance.row_order.split(',')
n = 0
@@ -302,7 +316,7 @@ class Session(models.Model):
@classmethod
def get_session(self, sid):
def get_session(cls, sid):
return Session.objects.filter(pk=sid).first()
@@ -313,7 +327,7 @@ class Session(models.Model):
def __str__(self):
state = _("Terminée") if not self.active else _("Active")
return f'[ {self.id} ] {self.name} ({state})'
return f'[ {self.pk} ] {self.name} ({state})'
@receiver(post_save, sender=Session)
@@ -444,6 +458,106 @@ class ExperimentWell(models.Model):
def __str__(self):
return f'{self.experiment.title}'
class VideoPlate(models.Model):
"""Vidéo d'une plaque multi-puits entière, utilisée en mode capture_type='video'."""
multiwell = models.ForeignKey(
MultiWell,
on_delete=models.CASCADE,
verbose_name=_("Multi-puits"),
related_name='video_plates',
)
label = models.CharField(_("Label"), max_length=200, blank=True)
video_file = models.FileField(
_("Fichier vidéo"),
upload_to='videos/',
null=True,
blank=True,
)
active = models.BooleanField(_("Active"), default=True)
uploaded_at = models.DateTimeField(_("Déposé le"), auto_now_add=True)
# Calibration vidéo plaque : pixels par mm dans la vidéo (≠ calibration caméra individuelle)
px_per_mm = models.FloatField(
_("Pixels par mm (vidéo plaque)"),
default=15.0,
help_text=_("Facteur pixels/mm dans la vidéo plaque. À calibrer selon la résolution de la caméra plaque."),
)
# Origine : position CNC (mm) correspondant au pixel (0, 0) de la vidéo.
# Indépendant de MultiWell.xbase — ne change pas à la recalibration des puits.
x_origin_mm = models.FloatField(
_("Origine X (mm)"),
default=0.0,
help_text=_("Position CNC X correspondant au bord gauche de la vidéo plaque (mm). Défaut 0."),
)
y_origin_mm = models.FloatField(
_("Origine Y (mm)"),
default=0.0,
help_text=_("Position CNC Y correspondant au bord haut de la vidéo plaque (mm). Défaut 0."),
)
# Métadonnées extraites automatiquement à l'upload
native_fps = models.FloatField(_("FPS natif"), null=True, blank=True)
duration_s = models.FloatField(_("Durée (s)"), null=True, blank=True)
frame_w = models.PositiveIntegerField(_("Largeur (px)"), null=True, blank=True)
frame_h = models.PositiveIntegerField(_("Hauteur (px)"), null=True, blank=True)
@classmethod
def active_for(cls, multiwell_position: str) -> "VideoPlate | None":
return cls.objects.filter(multiwell__position=multiwell_position, active=True).first()
@classmethod
def active_video(cls) -> "VideoPlate | None":
return cls.objects.filter(active=True).first()
@property
def video_filename(self) -> str:
return Path(self.video_file.name).name if self.video_file else "—"
@property
def resolution(self) -> str:
if self.frame_w and self.frame_h:
return f"{self.frame_w}×{self.frame_h}"
return "—"
class Meta:
ordering = ['multiwell__order', '-uploaded_at']
verbose_name = _("Vidéo plaque")
verbose_name_plural = _("Vidéos plaque")
def __str__(self) -> str:
return f"{self.multiwell.position} — {self.label or self.video_filename}"
@receiver(post_save, sender=VideoPlate)
def notify_video_plate_change(sender, instance, **kwargs):
"""Hot swap : publie sur Redis quand une vidéo active est enregistrée."""
if not instance.active or not instance.video_file:
return
try:
from redis import Redis
from django.conf import settings as django_settings
r = Redis(
host=django_settings.REDIS_HOST,
port=django_settings.REDIS_PORT,
db=0,
decode_responses=True,
)
r.publish('scanner_proc', json.dumps({
'type': 'scanner',
'topic': 'video_plate',
'multiwell': instance.multiwell.position,
'path': instance.video_file.path,
}))
except Exception:
pass
@receiver(post_delete, sender=VideoPlate)
def delete_video_file(sender, instance, **kwargs):
"""Supprime le fichier physique quand l'enregistrement est effacé."""
if instance.video_file:
path = Path(instance.video_file.path)
path.unlink(missing_ok=True)
@receiver(post_save, sender=Experiment)
def create_experiment_well(sender, instance, created, **kwargs):
from planarian.models import ExperimentConfig