context / gitignore

.gitignore

@@ -0,0 +1,41 @@
+# ── Secrets & credentials ──────────────────────────────────────────────────
+test_tube_scanner/.env
+*.pem
+*.key
+*.crt
+*.p12
+*.pfx
+credentials*.json
+secrets*.json
+.secrets
+
+# ── Données capturées / exports / backups ──────────────────────────────────
+datas/
+
+# ── Python / venv ──────────────────────────────────────────────────────────
+.venv/
+__pycache__/
+*.py[cod]
+*.pyo
+
+# ── Django runtime ─────────────────────────────────────────────────────────
+*.sqlite3
+*.db
+test_tube_scanner/staticfiles/
+test_tube_scanner/media/
+test_tube_scanner/logs/
+*.log
+
+# ── Celery ─────────────────────────────────────────────────────────────────
+celerybeat-schedule
+celerybeat.pid
+*.pid
+
+# ── Éditeurs & OS ──────────────────────────────────────────────────────────
+.idea/
+.vscode/
+*.swp
+*.swo
+*~
+.DS_Store
+Thumbs.db

CONTEXT.md

@@ -0,0 +1,195 @@
+# PlanarianScanner — Contexte technique
+
+Système d'imagerie automatisé pour le suivi comportemental de planaires (*Platyhelminthes*).
+Développé par dd@linuxtarn.org pour le **Laboratoire de Biologie, Université Champollion, Albi**.
+
+---
+
+## Matériel cible
+
+| Composant | Détail |
+|---|---|
+| Carte | Raspberry Pi 4 |
+| Caméra | ArduCam haute définition (Picamera2) |
+| Motorisation | Bras CNC L2544 piloté en GRBL via port série |
+| Grille | 4 plaques multi-puits de 6×4 = 96 puits (Ø 16 mm) |
+| Réseau | LAN — export Samba (CIFS) / rsync SSH |
+
+---
+
+## Stack technique
+
+| Couche | Technologie |
+|---|---|
+| Backend | Django 5.1 + Django Channels (WebSocket) |
+| Serveur ASGI | Daphne |
+| Broker/cache | Redis |
+| Tâches async | Celery + django-celery-beat (one-shot via ClockedSchedule) |
+| Vision | OpenCV (headless) + Picamera2 |
+| Stockage frames | ReductStore (base time série haute performance) |
+| BDD | MariaDB (prod) — sqlite3 (dev) |
+| Export distant | Samba client (CIFS) / rsync |
+| Plateforme | Raspberry Pi 4, Debian 64-bit Trixie |
+| Python | 3.13 — venv dans `.venv/` |
+
+---
+
+## Structure du dépôt
+
+```
+PlanarianScanner/
+├── etc/                        # Scripts d'installation et configs système
+│   ├── 1-install-sys.sh        # Dépendances système
+│   ├── 2-cargo-reductstore-install.sh  # Build ReductStore (~15 min sur RPi4)
+│   ├── 3-install-samba-client.sh
+│   ├── 4-install_mariadb.sh
+│   ├── 5-install_adminer.sh
+│   ├── 6-install_django_app.sh # Init Django (migrations, fixtures, collectstatic)
+│   ├── db/                     # Fixtures JSON initiales (configuration, multiwell, well)
+│   ├── requirements.txt
+│   ├── scanner_service.conf    # Supervisor : Django + Celery workers
+│   ├── reductstore_service.conf
+│   └── nginx_service.conf
+├── datas/                      # Données hors Django (gitignored)
+│   ├── medias/                 # Images et vidéos capturées
+│   ├── exports/csv/            # Exports CSV EthoVision
+│   ├── remote/exports/         # Dossier cible des transferts distants
+│   └── backup/mariadb/         # Sauvegardes MariaDB
+├── assets/                     # Logo, screenshots
+├── test_tube_scanner/          # Racine du projet Django
+│   ├── home/                   # Package projet (settings, urls, wsgi, asgi, celery)
+│   ├── scanner/                # App scanner (CNC, multi-puits, sessions, exports)
+│   ├── planarian/              # App suivi planaires (métriques, export CSV)
+│   ├── modules/                # Modules partagés (capture, GRBL, tracker, metrics…)
+│   ├── manage.py
+│   ├── run-server.sh
+│   ├── run-workers.sh
+│   ├── planarian_sim.py        # Simulateur standalone (CLI)
+│   └── .env / .env.example
+└── browser.py                  # Ouverture navigateur local (utilitaire)
+```
+
+---
+
+## Applications Django
+
+### `scanner` — Pilotage CNC et acquisition
+
+Modèles principaux :
+
+| Modèle | Rôle |
+|---|---|
+| `Configuration` | Config globale active (caméra, GRBL, tracking, calibration) |
+| `MultiWell` | Plaque multi-puits (position HG/HD/BG/BD, grille 6×4, pas XY) |
+| `Well` | Puit individuel (nom Ai..Di) |
+| `WellPosition` | Position XY mm d'un puit dans un MultiWell + px_per_mm |
+| `Experiment` | Session de capture sur un MultiWell (durée, début/fin) |
+| `Session` | Groupe d'expériences avec planification (ClockedSchedule one-shot) |
+| `SessionExperiment` | Liaison Session ↔ Experiment |
+| `ExperimentWell` | Liaison Experiment ↔ Well (puits actifs) |
+
+Signaux Django :
+- `post_save(MultiWell)` → génère automatiquement les `WellPosition` en serpentin
+- `post_save(Session)` → crée les `PeriodicTask` Celery Beat (export + scanning)
+- `post_delete(Session)` → supprime les `PeriodicTask` associées
+
+Tâches Celery (`scanner/tasks.py`, `scanner/export_tasks.py`) :
+- `run_scanning(session_id)` — parcours serpentin des puits (GRBL + capture)
+- `run_session_exports(session_id)` — génération ZIP JPEG + MP4 + transfert distant
+
+### `planarian` — Suivi multi-individus et métriques
+
+Modèle `ExperimentConfig` : paramètres de tracking par puit (px_per_mm, fps, seuils).
+
+---
+
+## Modules partagés (`modules/`)
+
+| Module | Rôle |
+|---|---|
+| `grbl.py` | Pilotage CNC via port série (G-code, homing, déplacement XY) |
+| `grbl_simulator.py` | Simulateur GRBL pour dev sans matériel |
+| `capture_interface.py` | Interface abstraite de capture |
+| `picamera2_capture.py` | Capture ArduCam via Picamera2 |
+| `webcam_capture.py` | Capture webcam via OpenCV |
+| `videofile_capture.py` | Lecture fichier vidéo (test/sim) |
+| `planarian_tracker.py` | Tracking multi-individus : MOG2 + algorithme hongrois (`scipy`) |
+| `planarian_metrics.py` | Métriques par frame et summary (mobilité, thigmo, photo, chemo, social) |
+| `tube_aligner.py` | Alignement et calibration optique du tube |
+| `circular_crop.py` | Découpe circulaire des images de puit |
+| `reductstore.py` | Interface ReductStore (stockage/lecture frames time série) |
+| `system_stats.py` | Stats système (CPU, RAM, disque — affichage dashboard) |
+
+---
+
+## Métriques de tracking
+
+**Par frame** : velocity, distance, moving, mobility_state, dist_to_wall_mm, near_wall,
+dist_to_light_mm, heading_to_light_deg, fleeing_light, dist_to_food_mm, heading_to_food_deg,
+approaching_food, in_food_zone, nearest_neighbour_mm, in_avoid_zone, in_aggreg_zone,
+chem_repulsion_level.
+
+**Summary** : totaux et pourcentages EthoVision-compatibles pour mobilité, thigmotactisme,
+phototactisme, chimiotactisme, interactions sociales.
+
+Export CSV compatible **EthoVision XT**.
+
+---
+
+## Configuration runtime
+
+Fichier `.env` (python-decouple) dans `test_tube_scanner/` :
+
+```
+SECRET_KEY, DEBUG, DOMAIN_SERVER, ALLOWED_HOSTS, CSRF_TRUSTED_ORIGINS
+APP_DATAS          # chemin relatif vers datas/ (ex: ../datas)
+DJANGO_APP         # nom de l'app (home)
+REDIS_URL          # ex: redis://localhost:6379/0
+REDUCTSTORE_URL    # ex: http://localhost:8383
+DB_*               # MariaDB credentials
+```
+
+---
+
+## Démarrage des services
+
+Tous gérés par **Supervisor** :
+
+```bash
+# Interface web Supervisor
+http://root:toor@<ip>:9001
+
+# CLI
+sudo supervisorctl start|stop|restart reductstore
+sudo supervisorctl start|stop|restart test_tube:*
+```
+
+En dev :
+```bash
+cd test_tube_scanner
+./manage.py runserver 0.0.0.0:8000
+# Workers Celery séparés :
+./run-workers.sh
+```
+
+Accès réseau : ajouter `<ip-rpi4> scanner.local` dans `/etc/hosts` des clients.
+
+---
+
+## Simulateur standalone
+
+`test_tube_scanner/planarian_sim.py` — simulation CLI d'une arène circulaire (Ø 16 mm, 500×500 px),
+export CSV EthoVision par planaire.
+
+```bash
+python3 planarian_sim.py --count 5 --thigmotaxis 0.4
+python3 planarian_sim.py --count 5 --photo-mode fixed --photo-x 0.2 --photo-y 0.2 --photo-strength 0.6
+```
+
+`test_tube_scanner/make_videos.sh` — génération de 24 vidéos de simulation (une par puit).
+
+---
+
+## Licence
+
+GPL-3.0

etc/1-install-sys.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-!/bin/bash
+#!/bin/bash
 
 echo "==== System installation for rpi"
 echo

etc/2-cargo-reductstore-install.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-!/bin/bash
+#!/bin/bash
 echo "--- install reductstore"
 echo "    machine raspberry pi4"
 echo "    Compilation finished `release` profile [optimized] target(s) in 16m 31s"

etc/4-install_mariadb.sh

@@ -3,8 +3,7 @@
 # Script d'installation et de configuration de MariaDB
 # Utilisation : source mariadb_config.sh && ./install_mariadb.sh
 
-ENV_FILE="../test_tube_scanner/.env"
+source ../test_tube_scanner/.env
-source $ENV_FILE
 
 # Vérifie que le fichier de configuration est sourcé
 if [ -z "$DATABASE_ROOT_PASSWORD" ] || [ -z "$DATABASE_NAME" ] || [ -z "$DATABASE_USER" ] || [ -z "$DATABASE_PASSWORD" ]; then

etc/scanner_service.conf

@@ -4,6 +4,7 @@ programs=webUI,planification,services
 [program:webUI]
 process_name=%(program_name)s
 priority=500
+
 directory=/home/rpi4/PlanarianScanner/test_tube_scanner
 command=/home/rpi4/PlanarianScanner/test_tube_scanner/run-server.sh
 #    /home/rpi4/PlanarianScanner/.venv/bin/daphne